Un año después de su temporada más gloriosa, el Valencia buscaba un lateral derecho para relevar a Curro Torres. En el verano de 2005, tras largas negociaciones, ficharon al defensa portugués Miguel Brito del Benfica por 8 millones de euros. Debutó en la tercera jornada de la Liga 2005-2006 con una actuación destacada y un gol memorable, lo que hizo que la afición valencianista lo comparara con la leyenda Jocelyn Angloma. Sin embargo, su rendimiento fue de más a menos, y sus problemas fuera del campo empezaron a afectar su desempeño.
Miguel era un amante de la noche y no ocultaba su vida disoluta, lo que le generó numerosos problemas. Sus salidas nocturnas, peleas y escándalos lo hicieron conocido como "el pistolero". A pesar de su comportamiento, el entrenador Unai Emery nunca dejó de contar con él, incluso dándole la titularidad y la capitanía en algunas ocasiones. En su última temporada (2011-2012), su comportamiento se volvió insostenible y fue apartado del equipo brevemente. Su contrato no fue renovado en el verano de 2012, y dejó el Valencia con la intención de seguir su carrera en otro club, pero su mala fama impidió que encontrara equipo.
Fumador y bebedor confeso, la carrera de Miguel en el Valencia reflejó una plantilla que hizo de la noche su territorio bajo la dirección de Emery.