El verano de 2007 marcó un periodo de expectativas para el Valencia, con la ambición de regresar a la lucha por el título de liga. Con una plantilla que combinaba la experiencia de la generación dorada del club con jóvenes talentos de la cantera y fichajes destacados como Joaquín o Morientes, el equipo dirigido por Quique Sánchez Flores buscaba reforzar su centro del campo debido a las lesiones y fragilidades de algunos jugadores clave. Aunque el técnico solicitó fichajes específicos, el Valencia optó por un desconocido centrocampista portugués, Manuel Fernández, procedente del Everton y representado por George Mendes, por una exorbitante suma de 18 millones de euros, reflejo de los tiempos de derroche en el club.

Fernández, inicialmente prometedor, comenzó a destacar en el equipo titular bajo la dirección de Quique. Sin embargo, el despido de Quique y la llegada de Ronald Koeman como nuevo entrenador marcaron un cambio en la fortuna de Fernández, quien perdió su lugar en el equipo. Aunque había hecho amistad con otros jugadores portugueses del equipo, su rendimiento disminuyó y se vio envuelto en incidentes nocturnos que afectaron su carrera.

Un episodio particularmente infame ocurrió en enero de 2008, cuando Fernández se vio involucrado en una pelea callejera después de una noche de fiesta en Valencia. Acusado de agredir a dos agentes de policía, Fernández fue arrestado y posteriormente cedido al Everton por el resto de la temporada. A pesar de este revés, Fernández logró jugar algunos partidos con el Everton y contribuir a su clasificación para la Copa de la UEFA.

De regreso al Valencia en la siguiente temporada, Fernández tuvo la oportunidad de redimirse bajo la dirección de Unai Emery. Aunque su comportamiento fuera del campo seguía siendo cuestionable, su habilidad futbolística lo llevó a ganarse un lugar en el equipo titular y a marcar varios goles importantes. Sin embargo, su carrera sufrió un duro golpe durante un evento festivo en el chalet de Fernando Morientes, donde se lesionó gravemente la rodilla izquierda al lanzarse a una piscina.

La noticia de que Fernández había jugado con el peroné roto durante 75 minutos en un partido anterior conmocionó al mundo del fútbol, alimentando la percepción de que era un superhéroe dotado de una "arma mágica". A pesar de su lesión, Fernández continuó en el Valencia durante algún tiempo más, pero nunca logró alcanzar el nivel de su temporada destacada. Finalmente, fue cedido al Besiktas y posteriormente vendido permanentemente por una suma significativamente menor a la que el Valencia había pagado por él.

Hoy en día, Manuel Fernández es recordado ocasionalmente cuando se le ve jugar en equipos de menor renombre en la Europa League, recordando una carrera que no cumplió con las expectativas excesivas que había generado al principio.